首先,分公司用总公司的资质接的工程项目,须遵守国家相关法律程序,并办理增值税发票。关于款项流向,分公司和总公司之间需进行资金调拨,由总公司和甲方签订的合同不保证分公司可以直接入账,所以在确保安全的前提,最好的处理办法是:由总公司将款项先入账,再由总公司调拨给分公司,分公司再把相应的款项以开票方式给甲方,以保证国家法律的程序的遵守。拓展知识:分公司在资金入账时,需注意资金安全,及时去银行进行确认,保证资金到账正确无误;开具发票时,要求发票内容准确,税额正确,及时核实送票信息,以防出现漏票等情况发生。